Ingénieur·e d'études en traitement et analyse d'images et de signaux en neurosciences

Référence de l'offre : ES 14 09 -IRMAGE EC
Date limite de réponse :  11 octobre 2022
Date prévisionnelle de l'entretien :  2ème quinzaine de septembre 2022
Type de recrutement : 
Poste ouvert en CDD
Quotité de travail : 
100%
Niveau d'emploi : 
A
Durée du contrat : 
Du 03 octobre 2022 au 02 octobre 2023
Localisation : 
UMS IRMaGe
Pavillon Taillefer Rond point de la chantourne
38700 La Tronche

Présentation de la structure

L’Unité de Service IRMaGe (https://irmage.univ-grenoble-alpes.fr) est une structure sous la tutelle de l’UGA, l’Inserm, le CNRS et du CHUGA (UGA - Inserm US017 - CNRS UAR3552 - CHUGA).

Composée de 21 personnes, sa mission est d’assurer des services en imagerie IRM, en neurophysiologie (EEG/TMS), en spectroscopie RMN et en spectroscopie optique proche infrarouge, principalement pour les laboratoires du site grenoblois.

Les locaux de l’UMS sont distribués entre le CHUGA (service de neuro-imagerie, service de psychiatrie) et le Grenoble Institut des Neurosciences (GIN). L’UMS fait partie de l’infrastructure nationale en biologie santé « France Life Imaging » (https://www.francelifeimaging.fr/) et porte le label IBiSA (https://www.ibisa.net/).

Vous travaillerez au sein de l’équipe analyse et traitement d’images de IRMaGe, en collaboration avec les ingénieurs IRMaGe des plateaux IRM homme et animal et du plateau EEG ainsi qu’avec les chercheurs utilisateurs de ces équipements.

Les laboratoires LPNC (https://lpnc.univ-grenoble-alpes.fr/), GIN (https://neurosciences.univ-grenoble-alpes.fr/) et l’unité de service GRICAD, qui gère notamment les ressources de calcul de l’UGA (https://gricad.univ-grenoble-alpes.fr/), participeront, à l’orientation des projets de l’ingénieur·e, au travers d’un comité de pilotage.

 

 

Missions principales

Sous l'encadrement du Responsable du service "analyse et traitement d’images" à IRMaGe, vous aurez pour missions de :

  • Guider les utilisateurs dans la conception puis dans la mise en œuvre de pipelines de traitement de données IRM (priorité 1) et/ou EEG (priorité 2) à l’état de l’art et adaptées aux hypothèses de recherche des projets ;
  • Contribuer au développement et à la mutualisation d’outils ou pipelines développés par les utilisateurs pour faciliter la gestion et l’analyse d’images IRM et/ou de signaux EEG ;
  • Participer au contrôle qualité sur les données acquises sur les équipements d’IRMaGe.

 

Activités principales

Au sein de UMS IRMaGe :

  • Définir et paramétrer des « pipelines » de traitement de référence en IRM (notamment IRM fonctionnelle d’activation et de repos, morphométrie IRM, IRM de diffusion et de connectivité, IRM de perfusion, Spectroscopie IRM) et/ou  d’analyse de signaux en EEG (localisation de sources, DCM, potentiels évoqués, analyses temps-fréquences, etc.) ;
  • Contribuer à la formation de chercheurs (e.g., formation dans les laboratoires, sur la plateforme IRMaGe) et d’étudiants UGA (e.g., à travers des interventions en Master 2) ;
  • Assurer une veille scientifique et technologique sur les méthodes d’analyses, les enjeux de recherche et les outils logiciels disponibles, utiles à la plate-forme et à ses utilisateurs ;
  • Intégrer certains « pipelines » de traitement identifiés dans un environnement permettant l’intégration multi-logiciels en rendant l’usage abordable par d’autres utilisateurs ;
  • S'impliquer scientifiquement dans l’analyse des données en fonction des demandes des utilisateurs ;
  • Participer à des tâches d’intérêt collectif sur la plateforme IRMaGe.

Des déplacements dans les laboratoires utilisateurs, ainsi que pour des conférences, formations sont à prévoir.  Des déplacements occasionnels à l'étranger sont à envisager.

Compétences attendues

  • Maîtriser les outils et logiciels académiques standards (SPM, FSL, FreeSurfer, ANTs, MRTRIx...) ;
  • Maîtriser les outils de développement logiciel : langages Python, Matlab, C/C++, R, environnements de développement tels que Eclipse, Visual Studio, cmake, Xcode, systèmes de suivi de versions / de projets ;
  • Avoir de l'expérience en traitement de données IRM de l’acquisition à l’interprétation ainsi qu' en traitement de données EEG ;
  • Connaître les approches de type "intelligence artificielle" pour le traitement de données, par exemple sur des aspects de segmentation ou de classification ;
  • Avoir de l'expérience en déploiement de pipelines de traitement sur des grilles de calcul pour traitement de données massives ;
  • Savoir écouter et détecter les besoins des utilisateurs pour apporter des réponses adapter ;
  • Assurer une veille scientifique et technologique à destination des utilisateurs ;
  • Savoir documenter ses travaux ;
  • Etre autonome, organisé·e et rigoureux/se ;
  • Savoir travailler en équipe ;
  • Manifester de la curiosité.

Un niveau B1/B2 en langue anglaise est attendu. La maîtrise de l'anglais scientifique serait un plus.

Des compétences en développement seraient souhaitables.

Une formation dans l' un des domaines suivants serait appréciée : mathématiques appliquées, informatique scientifique, modélisation, simulation numérique, calcul intensif, ingénierie biomédicale, neurosciences.

Conditions de diplômes

Bac + 3

Rémunération

A partir de 1891€ mensuel brut et en fonction de l’expérience.
Vous percevrez en plus de votre salaire un régime indemnitaire d'un montant mensuel brut de 279 €.
Publié le  23 septembre 2022
Mis à jour le  23 septembre 2022