Site emploiBienvenue

Le Département de Pharmacochimie Moléculaire (DPM) mène des recherches dans le domaine de la santé autour de la chimie et de la physicochimie du médicament. Le DPM fait partie de l’Institut Chimique Moléculaire de Grenoble (ICMG) et gère la Chimiothèque Grenobloise qui est intégrée à la Chimiothèque Nationale (ChemBioFrance).

Pour en savoir plus sur le DPM : https://dpm.univ-grenoble-alpes.fr/

Vous aurez comme mission principale de mettre en œuvre et d’exploiter des outils de chimio-informatique, tant pour les projets scientifiques menés au sein de l’unité que pour la gestion et la valorisation de la chimiothèque, à l’échelle locale et nationale

Exploitation des données de la recherche :

• Explorer la structure 3D des macromolécules (protéines, acides nucléiques) en étudiant leurs motifs évolutifs sur la séquence protéique à l’aide des techniques d’apprentissages profondes (modèles de langage, diffusion,...)
• Utiliser des modèles d’apprentissage profond pour l’étude des interactions moléculaires, des approches thérapeutiques (créer des nouvelles candidatures médicamenteuses en se basant sur la structure et les signaux physico-chimiques des sites d’interaction de la protéine) et entre biomacromolécules pour des approches analytiques
• Construire des modèles d’étude par l’apprentissage automatique (machine learning)-apprentissage profonde (Deep learning) avec préparation/nettoyage des données moléculaires
• Analyser des données par des méthodes statistiques : SAR, QSAR, QSPR, calcul de descripteurs, analyse de diversité, recherche d’analogues, élaboration de bibliothèques virtuelles
  

Modélisation moléculaire :

• Effectuer des docking et criblages virtuels : aspect structural des biomacromolécules (protéines, acides nucléiques etc…) et des petits ligands

Chimiothèque :

• Assurer la gestion et la mise en valeur des données structurales et biologiques
• Assurer, avec l’appui de technicien, la collecte et la gestion des échantillons
• Participer à la gestion administrative de la Chimiothèque de l’ICMG et aux activités de la Chimiothèque Nationale (ChemBioFrance)

Activités secondaires :

• Apporter un soutien à la gestion des ressources informatiques communes de l’unité
  
  

• Savoir analyser des données et exploiter des bases de données scientifiques
• Pouvoir mener à bien des constructions et entrainements de modèles de Deep learning (comprendre l’architecture des réseaux de neurones artificiels, packages Tensorflow, PyTorch, Keras...,)
• Connaître la mécanique moléculaire, les descripteurs moléculaires et savoir traduire ces descripteurs en termes pharmacocinétiques et pharmacodynamiques
• Avoir une communication interdisciplinaire (entre les experts de Deep learning et chimie/biologie) et participer à la gestion de projets scientifiques
• Connaitre les langages de programmation : Bash, Python et/ou R, Langages de requête de type SQL, HTML, PHP (+CakePHP), perl, subversion (optionnel)
• Avoir des connaissances pratiques sur des paquets et des logiciels chemoinformatiques et moléculaires (RDkit, Data Warriors, Chemdraw, Pymol…)
• Savoir rédiger des documentations techniques (procédures, modes opératoires, comptes rendus de réunion), rapports scientifiques et participer à la rédaction de publications
• Connaitre l'administration de système Linux (installation, mises à jour, gestion de services, filtrage réseau)

Expérience professionnelle souhaitée de 2 à 5 ans.