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Le poste se déroulera au laboratoire TIMC, dans l'équipe GMCAO (Gestes Médico-Chirurgicaux Assistés par Ordinateur). Il s'agit d'une équipe pluridisciplinaire qui s'intéresse à l'assistance du geste chirurgical par des moyens informatiques et robotiques. Le poste s'inscrit au sein du projet MyoMap décrit ci-dessous.
Le projet MyoMap
Le diagnostic des cardiomyopathies s’appuie sur l’imagerie cardiaque en particulier l’IRM et la TEP-FDG. Cependant l'imagerie n'est pas suffisante pour différencier les différentes causes (myocardites chronique, sarcoïdose cardiaque isolée, cardiomyopathie d’origine génétique avec part inflammatoire) ayant le même tableau clinique. Or ces causes ont des prises en charge très différentes.
La biopsie intraventriculaire (EMB) reste le standard pour trancher, mais son rendement est très faible du fait du caractère focal des lésions et de la difficulté à transposer des informations 3D sur une fluoroscopie 2D en salle de cardiologie interventionnelle (cathlab) durant la réalisation de la biopsie.
Nous avons conçu le logiciel AIDE2MB (Assistance d’Intelligence et de DEep learning pour la Modélisation de Biopsies Myocardiques), un dispositif médical de planification et de guidage qui :
• génère un jumeau numérique du cœur patient-spécifique à partir des données IRM
• cartographie et priorise les zones cibles probables ;
• optimise la voie d’accès, le trajet et le positionnement du matériel ;
• exporte des repères utilisables en salle (vues fluoroscopiques standard, overlay/angulations) pour une biopsie ciblée

Description de l'équipe:
L'équipe dans laquelle vous interviendrez est composée de:
• Céline Fouard, MCU à l'UGA, respsonsable du projet
• Pr. Gilles Barone-Rochette, professeur de cardiologie au CHUGA, co-concepteur du logiciel
• Manik Bhattacharjee, Ingénieur de recherche au laboratoire TIMC, spécialisé dans le prototypage logiciel pour les GMCAO.

À partir d'un prototype fonctionnel, déployer un outil de navigation chirurgical utilisable en essai clinique.
Le logiciel MyoMap développé au sein de l'équipe GMCAO du laboratoire TIMC est un prototype de navigation pour la ponction endomyocardique guidée. À partir d'images 3D préopératoires, le logiciel construit un modèle 3D du coeur du patient ainsi que de la lésion à atteindre et guide le clinicien au cours de l'intervention en montrant l'endroit à biopsier repéré par rapport aux images 2D acquises pendant l'intervention.
L'objectif du projet est de pouvoir utiliser ce logiciel dans le bloc opératoire lors d'un essai clinique.
Aujourd'hui le prototype nécessite une expertise informatique et en traitement d'image, qu'il va falloir remplacer/automatiser pour le rendre utilisable par un clinicien. De plus pour être utilisable lors d'un essai clinique, le logiciel devra suivre des normes qualité et donc être livré avec une analyse de risques et un jeu de tests permettant la réduction de risque à un niveau acceptable pour un essai clinique.

• Se familiariser avec le code/les concepts existants
• Reprendre / modificatier du code pour automatiser les tâches du clinicien
• Développer selon la méthode du développement centré utilisateur (clinicien)
• Prendre part à l'analyse de risques
• Rédiger des plans de tests à partir de matrice de risques
• Réaliser les plans de test et correction de bugs

Restriction ou contraintes liées au poste:
Les horaires et conditions de travail sont souples, maisvous devrez être présent pour les réunions et vous rendre disponible aux horaires des rendez-vous avec le clinicien.
Le laboratoire étant en ZRR, il est nécessaire d’obtenir l’accréditation.

Une prolongation à l'issue du contrat est possible.

• Développement Python / C++
• Traitement d’images médicales
• Tests unitaires / d’intégration / de no régression
• Capacité à communiquer à la fois avec des informaticiens et de cliniciens
• Capacité à faire l’élicitation des besoins utilisateurs
• Autonomie et rigueur dans l’application des règles de qualité

Formation, diplôme, expérience souhaitée :
- Expérience en programmation Python indispensables - Expérience / Formation en C++ souhaitée (peut être remplacée par une solide connaissance de la POO en Java et une formation) - Intérêt pour le médical indispensable - Intérêt pour le traitement d’images médicales souhaité